C’est pour cela que, selon une opposition devenue presque classique, il convient de parler du mystère de l’âme plutôt encore que du problème de l’âme. Car si l’âme était un transcendant étranger au moi, elle serait en effet pour lui un problème, et la solution qu’il en donnerait serait une solution purement intellectuelle. Mais le moi ne semble séparé de son âme que pour la trouver. C’est à elle qu’il emprunte tous ses pouvoirs, et celui même de dire moi ; et toutes les démarches qu’il accomplit semblent retentir sur l’essence même de son âme et la transformer. C’est ainsi qu’elle figure par rapport au moi à la fois son origine et son destin. C’est à travers le moi que l’âme elle-même ne cesse de se faire ce qu’elle est. Mais cette origine et ce destin, qui nous permettraient de saisir l’âme dans son accomplissement, échappent pourtant au moi. Ainsi l’âme est cachée dans une sorte de pénombre, non pas, il est vrai, comme une chose qui se déroberait au regard, mais comme une création de soi par soi dont nous n’avons jamais, tant qu’elle se réalise, qu’une conscience imparfaite et divisée. Notre moi cherche à prendre possession de notre âme : il est l’âme elle-même en tant qu’elle est une puissance qu’il dépend de lui d’éclairer et d’actualiser, mais qui est telle que, par l’usage qu’il en fait, il peut tantôt l’épanouir et tantôt la refouler. Il est donc toujours à la surface de son âme. Il a des desseins à l’égard de celle-ci : mais il lui arrive toujours de les oublier ou de les négliger. Ainsi il se crée à lui-même une sorte d’expérience subjective et momentanée dont il est le centre et dans laquelle l’intérêt de son âme peut se trouver en quelque sorte sacrifié.
Pourtant aucune circonscription ne peut être tracée autour du moi : il ne peut s’enfermer dans le cercle de lumière constitué par la conscience qu’il a de lui-même. Il est solidaire d’une infra-conscience où toutes les impulsions obscures de la nature, et qui le déterminent souvent à son insu, viennent émerger dans la zone de clarté en produisant une sorte d’effroi sur tout ce que nous portons en nous ; il est solidaire aussi d’une supra-conscience dans laquelle toutes les connaissances que l’expérience nous a enseignées semblent acquérir parfois une sorte d’illumination qui les transfigure et que le moi pense recevoir, au lieu de se la donner. S’il est évident que l’on ne peut pas dissocier le moi de la conscience qu’il a de lui-même et sans laquelle il ne saurait se distinguer ni du corps, ni du monde des corps, du moins faut-il dire que cette conscience elle-même communique incessamment avec ce double inconscient d’en bas et d’en haut qui est tel que le premier aspire à la conscience, tandis qu’elle se dénoue dans le second. Le moi est comme le passage incessant de l’un à l’autre.
Mais ce passage accuse étroitement la liaison de l’âme et du moi. Car ce double inconscient, dans lequel le moi lui-même ne cesse de s’enraciner et de se dépasser, est inséparable de notre âme elle-même considérée dans toutes les possibilités qui lui sont offertes et dont il faudra qu’au cours de la vie propre du moi, elle dégage l’essence qu’elle se sera à elle-même donnée. Or cet inconscient que le moi considère comme au-dessous de lui-même, qu’il lui a fallu traverser pour devenir ce qu’il est et qui, lorsqu’il surgit de nouveau en lui, lui semble une victoire des puissances maléfiques dont il se croyait délivré, tient encore à notre âme comme l’obstacle et le moyen sans lesquels elle n’aurait pas réussi à s’incarner, c’est-à-dire à acquérir une forme individuelle, mais dont elle aspire à se dépouiller à mesure qu’elle réalise sa propre essence spirituelle. Au lieu que l’inconscient que le moi considère comme au-dessus de lui-même et à l’égard duquel il éprouve une subordination nouvelle, mais qui l’exalte et le comble au lieu de le rabaisser et de l’humilier, c’est l’âme vivante en tant que, dépassant toujours sa propre limitation et répondant à sa vocation la plus profonde, elle retrouve le contact avec l’absolu dont elle ne s’était séparée que pour le rendre sien. Il y a aussi une différence singulière entre ces deux sortes d’inconscient : car le premier est étranger à la conscience dont le rôle est de le dépasser et de le refouler indéfiniment, de telle sorte que, quand il envahit la conscience, c’est contre la loi de développement de la conscience elle-même et pour montrer que l’âme est toujours en péril ; au lieu que le second exprime le sommet même de la conscience dans ce qu’elle a de plus parfait et de plus pur, de telle sorte qu’il n’est pour le moi un inconscient qu’afin de lui permettre de sentir à chaque pas son insuffisance et de l’obliger à la réparer.
Ainsi on peut bien dire que l’âme est un mystère, mais parce qu’elle est pour le moi l’inconnu de lui-même. Cependant cet inconnu, c’est cette double zone d’obscurité qui entoure le point lumineux et mobile où réside la conscience que chacun a de soi. Mais ce point envoie toujours quelque nouveau rayon soit dans ces profondeurs souterraines où notre vie a germé, soit vers ces sommets invisibles où elle cherche à s’élever. Ainsi s’éclaire peu à peu le mystère de notre âme. Ou plutôt c’est le moi qui, prenant conscience non pas seulement de ce qui lui est donné ou qu’il est capable de faire, mais de la carrière même que l’âme doit parcourir pour se réaliser, reconnaît qu’il en est lui-même le témoin et le véhicule et qu’en lui elle découvre sa véritable essence qui est d’être une possibilité qui s’actualise. Ainsi dire de l’âme qu’elle est un mystère pour le moi, c’est dire aussi qu’elle est un mystère pour elle-même : ce qui ne peut pas nous surprendre, s’il est vrai que l’âme n’est pas un objet antérieur à la connaissance que le moi en pourrait prendre, mais une essence qui ne se découvre elle-même qu’en se créant, mais grâce à une opération dont le moi est indivisiblement le spectateur et l’agent.